בסוף שנת 1947 החל ארגון "ההגנה" בנשר לגייס את חבריו להגנה על קיומו של היישוב. בחטיבת כרמלי הוקם "גדוד 21", ובו "פלוגה 13", שכללה את בני נשר ויגור. מפקדהּ היה חנן זלינגר. אחד הבסיסים של הפלוגה הוקם בנשר; מפקדו היה יוסף גלילי. פועלי בית החרושת החלו לייצר את תת המקלע מסוג "סְטֵן". צבי הילבורן – מוותיקי החרטים בנשר – וחבריו ייצרו "סטנים" בסדרות של שמונה כלים. את כלי הנשק שייצרו החביאו במקומות שונים ביישוב. באותה תקופה הייתה נשר מוקפת מכל צדדיה בגדר ועמדות שמירה מבטון אשר הקיפו את הגדר. בחלק מהעמדות הותקנו סליקים להחבאת כלי נשק.

בערך באותו הזמן, פסקה התחבורה מנשר לחיפה שעברה דרך בלד א-שייח' לחלוטין. אוטובוס בקו מס' 8 של חברת "חבר" דופן בלוחות ברזל עבים מכל צדדיו. מסלול האוטובוס שונה. האוטובוס יצא מנשר ליגור, כפר חסידים, כפר אתא ומשם לצומת הצ'ק פוסט. בצומת נעשה חיפוש נשק על ידי חיילים בריטים; העונש על נשיאת נשק היה מוות בתלייה בבית הסוהר במבצר עכו.

לאחר הכרזת כ"ט בנובמבר הפך אזור נשר וסביבתו לאחד הקטעים הפרועים בארץ־ישראל. שלושה ימים אחר ההכרזה נחסם כביש חיפה–נצרת על גבול בלד א-שייח'. תושבי הכפר התנפלו על הנוסעים היהודים שעברו בו. שניים מתושבי נשר נדקרו בסכינים ומכוניתם נשרפה. החיילים הבריטים שנכחו במקום לא הגיבו למעשי הפורעים. דיירי הצריפים הקיצוניים בנשר רצו לנטוש את הצריפים בגלל היריות הבלתי פוסקות לעברם מכיוון בלד א-שייח'; רק עבודת שכנוע של מנהיגי הקהילה הניא אותם מלעשות זאת. בעקבות הירי בוצרו הצריפים, הוּספו עמדות מבוצרות לאורך הגדר והוגברה השמירה במקום. לאחר קום המדינה הצטרפו להגנה על נשר 130 בחורים ממעון עולים ביישוב ובכך הקלו על התושבים בהגנה על נשר.

גם בבתי הזיקוק החל המתח לעלות. בתחילת דצמבר 1947 הכריז הוועד הערבי על שביתה בת שלושה ימים כמחאה על החלטת החלוקה. בימים הבאים התריעו הכול מפני אסון ההולך ומתקרב, אך בהנהלת בתי הזיקוק טענו שאין צורך בהתערבות הצבא או המשטרה. עד סוף דצמבר 1947 לא עשתה הנהלת בתי הזיקוק דבר כדי לחזק את הביטחון במפעל. ב־9 בדצמבר 1947 נדקר למוות תושב נשר, בתוך הכפר בלד א-שייח' כשהוא בדרכו ממקום עבודתו לביתו.

בשבוע האחרון של דצמבר אירעו מספר תקריות קשות בחיפה. בבוקר 30 בדצמבר עברה מכונית פרטית ובה חברי האצ"ל ליד שערי בתי הזיקוק. המכונית האטה, ומתוכה נזרקו שני רימוני יד; שישה פועלים ערבים נהרגו וכ-60 נפצעו. בתוך דקות אחדות לאחר מכן , פרץ המון זועם לשטח בתי הזיקוק והחל לטבוח בעובדים היהודים. בתום הפרעות נמנו 39 הרוגים מקרב העובדים היהודים וכמספר הזה פצועים.

כתגובה לטבח, בלילה הבא יצאו כוחות ההגנה מחטיבת כרמלי לפעולת תגמול גדולה בתושבי כפרים בלד א-שייח' וחוואסה במבואות חיפה המזרחיים, בהם התגוררו פועלים רבים מבתי הזיקוק. לדברי בני מוריס נהרגו בשני הכפרים כ-76 אנשים בהם כמה נשים וילדים. לדברי יואב גלבר בשני הכפרים יחד נהרגו בין 15 ל-20 מתושביהם בהם גם נשים וילדים ונפצעו נוספים. לטענתו, הידיעות שנקבו במספרים גבוהים יותר היו ככל הנראה "מופרזות מאוד". בפעולה נהרגו גם 3 מאנשי "ההגנה". בעקבות המתקפה עזבו חלק מתושבי שני הכפרים.

ב־21 באפריל 1948 השתלטה ה"הגנה" על שכונותיה הערביות של חיפה, בעקבות כך עזבו חלק גדול מתושבי בלד א-שייח' את הכפר. ב-24 באפריל, ערב ליל הסדר תש"ח, כיתרו כוחות ההגנה את בלד א-שיח' ודרשו מתושביו למסור את נשקם. התושבים מסרו 22 "רובים ישנים", וההגנה השיבה כי תתקיף את הכפר אם לא יועברו לה אמצעי לחימה נוספים. בבוקר ליל הסדר פתח ארגון ההגנה בירי מרגמות ומקלעים על הכפר, תגבורת בריטית שהגיעה לכפר יעצה לתושבי הכפר לעזוב את המקום, והם עשו זאת מיידית בליווי בריטי. בני מוריס ומשקיפים בריטיים שנכחו במקום סברו, לפי שיטת ההתקפה והמשא ומתן שהתנהל, כי מטרת ההתקפה הייתה להביא ליציאת התושבים שנותרו ולכיבוש הכפר. בני מוריס כותב גם כי "אין ספק , נפילת העיר [חיפה] דכדכה אותם והכשירה אותם נפשית לנטישה". בעקבותיהם עזבו גם תושבי חוואסה ויאג'ור. מיד לאחר הפינוי נכנסו לבתים אנשי חטיבת כרמלי והתבצרו בהם בפני חיילי הלגיון הירדני ששכנו במחנה הצבא הבריטי אשר עמד על גבול נשר ובלד א-שייח'. לאחר מספר ימים נטשו גם אנשי הלגיון הערבי את המחנה. תושבי הכפרים הערבים, כ־5,000 איש, עברו לחיפה וללבנון.

במלחמת העצמאות נפלו 30 חיילים תושבי היישוב.