עם פרוץ מלחמת העולם השנייה הופצצה השכונה מדי לילה על ידי כוחות צרפת של וישי ששכנו בסוריה. תושבי השכונה נאלצו לשבת מדי לילה במקלטים. לאחר תקופת מה השתלט הצבא הבריטי על מבנה בית הספר בשכונה, ושיכן בו את חייליו. תלמידי בית הספר למדו בחדרים בבתים פרטיים ובצריף הנוער העובד והלומד.

פרוץ המלחמה שינה את מצבו הכלכלי של המפעל. הצבא הבריטי נזקק לכמויות גדולות והולכות של מלט, ופעילות ייצור המלט חודשה. הקשר עם הספקים בגרמניה נפסק, ועובדי המסגרייה ייצרו את חלקי החילוף. בעקבות הידלדלות מקורות אבן הסיד ממחצבת נשר ליד בית החרושת, החליטה הנהלת המפעל לפתוח את המחצבה ב"חרייבה", ולשם כך השלימה את רכישת השטח (שתוכנן להירכש כבר בשנת 1922). ב־18 בינואר 1942 החלה סלילת הכביש מהמפעל אל פסגת ההר (כביש 7212). סלילת הכביש הסתיימה ב־19 בדצמבר.

קריאת המוסדות הלאומיים להתגייס לצבא הבריטי נענתה על ידי תושבי נשר. ותיקי המפעל ובניהם שנולדו בצריפים התגייסו לצבא או לשירות ההגנה. הנהלת המפעל שילמה לכל פועל בעל משפחה שהתגייס 50% משכרו.

בעקבות המלחמה גדלו הביקושים במשק, ואיתם האמירו המחירים. למרות זאת, נדחתה תביעת פועלי נשר להעלאות שכר ושיפור תנאיהם הסוציאליים. ב־15 במרץ 1945 פרצה שביתה; שביתה זו הייתה מהגדולות במשק, ונמשכה עד ה־26 במאי 1945. כל ראשי המשק העברי היו מעורבים בניסיון לפתור את הבעיה. השביתה הסתיימה בהישגים לעובדים. ב-1 בינואר 1946 נמכרה החברה לשותפות בבעלות סולל בונה והחברה המרכזית.

בני נשר ששוחררו מהצבא הבריטי חזרו לנשר, והתקבלו לעבודה במפעל כבני דור המשך. תנאי העבודה תחת ההנהלה החדשה השתפרו, ההנהלה הגדילה את תמיכתה במוסדות החינוך של השכונה, והוקם חדר אוכל משופר, ששימש גם כמקום מפגש. יחד עם זאת, בעיית שיכונם של פועלי המפעל עדיין לא נפתרה; הם המשיכו להתגורר בצריפים שהוקמו על ידי העובדים בשטח שבקרבת בית החרושת. חלק מהפועלים רכשו בתים בקריות הסמוכות, אך רבים ציפו לבניית שכונה חדשה על הגבעה הדרומית (גבעת נשר). שטח אדמה זה נרכש בשנת 1945 על ידי חברת השיכון של ההסתדרות. בהרשמה של העובדים הסכימה הנהלת בית החרושת לתת לכל משתכן הלוואה למימון 25% מהבנייה וכן השתתפות בהוצאות פיתוח השטח. העובד נדרש לממן 25% והיתרה הלוואה מקופת התגמולים ומשכנתא. ב־27 באוקטובר 1947 סוכם הנושא על דעת ההנהלה והעובדים, וב־13 בדצמבר 1948 הונחה אבן הפינה לשכונת גבעת נשר. בשנת 1948 היה מספר הפועלים במפעל יותר מ־800.